El Niño không phải là hiện tượng do con người tạo ra, mà chính là thiên nhiên. Vì sao lại xuất hiện dòng nước ấm đột ngột ở phía đông Thái Bình Dương để khởi đầu hiện tượng El Niño? Một trong những nguyên nhân lớn gây ra hiện tượng El Niño là sự thay đổi hướng gió, tuy nhiên đến nay các nhà khoa học vẫn chưa có lời giải đáp hoàn toàn thống nhất. Những nguyên nhân khác bao gồm sự thay đổi áp suất không khí, Trái Đất nóng dần lên, hay cả các cơn động đất dưới đáy biển.

        Đối phó
        Các nhà khoa học đã đề ra ba giải pháp đối phó với hiện tượng này:

        Khai thác tất cả tiềm lực văn minh nhân loại để dự báo thời điểm chính xác xuất hiện, dự báo đường đi và sức công phá.

        Không làm các công việc tiếp tay cho El Niño như phá rừng, thải khí cácbonic vào không khí, vì El Niño càng mạnh mẽ hơn nếu mặt đất thiếu cây xanh hay để xảy ra hiện tượng nhà kính.

        Chuẩn bị những điều kiện tối thiểu để sống chung với El Niño, ví dụ như xây nhà phao tránh lũ (đối với vùng lũ lụt) hay dự trữ nước (đối với vùng khô hạn)...

        Lợi ích của El Niño
        Không phải El Niño lúc nào cũng gây tai họa cho con người. Cách đây hơn 5000 năm, khi mà hiện tượng này mới được ngư dân Peru phát hiện thì El Niño đồng nghĩa với "tin mừng". Vì nước biển lúc ấy tăng lên đủ ấm để vi sinh vật phát triển. Chúng là thức ăn cho cá biển. Nhờ thế nền đánh bắt cá của các nước ven biển Nam Mỹ phát triển mạnh. Nếu năm nào mà hiện tượng El Niño không làm cho nhiệt độ nước biển tăng lên quá cao thì năm đó sẽ có mùa cá bội thu.